操作流程：功能菜单依次选择【税务数字账户】－【发票勾选确认】－【抵扣类勾选】－【抵扣勾选】，
1.1待处理农产品发票
（1） 自产农产品销售发票
点击【待处理农产品发票】-【自产农产品销售发票】进入。
录入‘开票日期起’、‘开票日期止’、‘是否处理’三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，根据实际情况进行选择‘类型’，点击【提交】按钮，完成操作。
点击【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】会提示何种情况下可以使用该功能.
关闭提示信息，录入‘开票日期起’、‘开票日期止’、‘是否处理’三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，根据实际情况进行选择‘类型’，点击【提交】按钮，完成操作，
1.2 抵扣勾选
a) 发票勾选
勾选状态选择“未勾选”，根据需要输入或选择相关查询条件，然后点击【查询】按钮，则在勾选操作区显示符合查询条件的发票。管理状态为“疑点发票”的发票显示黄色，企业勾选该类发票时系统将进行相应提示，请谨慎勾选。
选择要勾选的发票信息，点击【提交勾选】按钮，点击【确认】后提示提交成功即完成操作。
b) 发票撤销勾选
勾选状态选择“已勾选”，在查询条件区，选择勾选日期的范围，点击【查询】按钮，可查询当前税款所属期已勾选的发票。勾选要撤销的发票信息，点击【撤销勾选】按钮，提示提交成功即完成操作。（处理完成该发票，该发票就转变为未勾选状态）。
1.3 海关缴款书
a) 海关缴款书勾选
勾选状态选择“未勾选”，根据需要输入或选择相关查询条件，然后点击“查询”按钮，则在勾选操作区显示符合查询条件的缴款书'.
b) 海关缴款书撤销勾选
勾选状态选择“已勾选”，在查询条件区，选择勾选日期的范围，点击【查询】按钮，可查询当前税款所属期已勾选的海关缴款书。选择要撤销的海关缴款书信息，点击【撤销勾选】按钮，提示提交成功即完成操作。（处理完成该海关缴款书，该海关缴款书就转变为未勾选状态）。
1.4 代扣代缴完税凭证
a) 代扣代缴完税凭证勾选
勾选状态选择“未勾选”，根据需要输入或选择相关查询条件，然后点击“查询”按钮，则在勾选操作区显示符合查询条件的代扣代缴完税凭证信息.
b) 代扣代缴完税凭证撤销勾选
勾选状态选择“已勾选”，在查询条件区，选择勾选日期的范围，点击【查询】按钮，可查询当前税款所属期已勾选的代扣代缴完税凭证。选择要撤销的代扣代缴完税凭证信息，点击【撤销勾选】按钮，提示提交成功即完成操作。（处理完成该代扣代缴完税凭证，该代扣代缴完税凭证就转变为未勾选状态）。
1.5农产品加计扣除勾选（只有农产品深加工企业才能使用）
（1） 发票
当农产品类的发票完成抵扣勾选后，根据需要进行农产品加计扣除勾选。
勾选状态选择“未勾选”，根据需要输入或选择相关查询条件，然后点击【查询】按钮，则在勾选操作区显示符合查询条件的发票。。
选择“是否用于增值税加计扣除”，并填写“本次加计扣除税额”。
点击【提交勾选】按钮，根据提示信息核对数据。如无误，点击【确认】按钮，提示“提交成功”即完成操作。
（2） 海关缴款书
勾选状态选择“未勾选”，根据需要输入或选择相关查询条件，然后点击【查询】按钮，则在勾选操作区显示符合查询条件的海关缴款书信息
选择“是否用于增值税加计扣除”，点击【提交勾选】按钮，提示“提交成功”即完成操作。
2.统计确认
（1） 申请统计
如果当前税款属期还未生成统计报表，您可点击【申请统计】按钮进行统计,如确认无误，继续点击【统计确认】按钮，系统将锁定当期抵扣勾选操作.
（2） 下载明细
统计确认后，可点击【下载发票明细】按钮，下载excel文件到电脑本地.